若是大宗的寄生虫基因组是为了招架疾病和坐蓐疫苗和药物而产生的，但是莫得东谈主能比较这些基因组会发生什么？Sascha 巨乳 動画Steinbiss&Thomas Otto在这个博客中回复了这个问题巨乳 動画，最初发布在Wellcome Trust Sanger Institute网站上。

在畴昔的十年里，基因组测序和拼装时间有了无边的率先，到现时结果，酌量东谈主员或者在较短的时期内以相对较低的老本获取细菌和微型真核生物近乎完好的基因组序列。即使对微型酌量实验室来说，低价制作好的拼装也能使测序民主化，并产生很多新的基因组草案，包括多样新的寄生虫基因组。这一趋势响应在序列安设可用器具的数目不断加多（到2016年高出60个）

然则，为这些生物体生成高质地的圭臬化把稳，即基因的位置和功能以过火他磋商特征的问题仍然存在。详备和完整把稳的可用性是使随后的比较跨物种分析或者识别单个物种或菌株之间相反的枢纽。

这种相反的例子可能是共同和/或物种特定基因和功能的丧失或获取。在细菌寰宇中，用于快速把稳基因组的软件器具存在，但到现时结果，寄生虫的等效性缺失。

先容一种新的软件器具

为了满足这一需求，咱们成立了Companion，一个新的软件器具和web工作器，利用咱们照旧知谈的联系物种的信息，在很短的时期内生成寄生虫基因组的全面把稳。

Companion的特有功能包括可视化拼装质地、将基因本色与参考基因组进行比较，以及提供可松驰提交到欧洲核苷酸档案（ENA）等环球数据库的文献。

赋予数据科学道理

但是，即使一个草案汇编是可用的，莫得把稳，它仍然是一个不可交融的数据串，莫得科学道理。要利用它，咱们需要知谈卵白质编码基因和非编码基因的位置，以及它们的功能是什么。

尽管发现这些基因是一个迂腐的挑战，有专诚的器具可供使用，但基因发现的任务仍然是一个灵通的问题。不完好的把稳，即缺失、罪状或仅部分描绘的基因模子以及罪状的功能关联，可能会严重影响任何类型的下贱分析。

然则，试验照旧标明，最佳的效果唯有通过并哄骗用多个器具，然后再进行手动矫正才能获取。

临了，天然需要发布，但向ENA这么的数据库提交把稳文献频繁是一个挑战，因为必须治服特定的定名法。

若何使用？

为了匡助寄生虫社区克服这些问题，咱们成立了同伴（空洞寄生虫把稳）软件，看成一个免费的环球资源。天然它主要看成一个web工作器提供，但也不错在土产货安装它来把稳不行在线运转的基因组。

关于寄生虫学家的主要指标受众，咱们提供了以前无法比较的浅薄把稳：只需上传才气集，从咱们的62个寄生虫基因组中聘请一个磋商的参考物种，然后按下按钮。

4-6小时后（取决于拼装质地和参考尺寸），将发送一封电子邮件，指引用户干涉其把稳基因组。Companion提供了基本的统计数据，如基因数目、基因密度、每个T、C、G的比例以及DNA中的一个碱基等，但更道理的是，还提供了第一个比较效果，如证据新把稳物种与其他物种关系的系统发生树，或与参考物种磋商的基因含量。此外，在自动生成的圆形图中，不错很容易地不雅察到安设的质地以及大限度的重新陈列。若是用户对效果风物，现时不错很容易地将其上传到ENA，这个经过畴昔是另一个很大的远程。天然，Companion生成的把稳也不错看成后续手动策展的精粹着手。

第一个主要的用例是使用Companion把稳多样新的动质体基因组，包括12个利什曼原虫和锥虫，以及Crithidia和endorypanum基因组，其中大多数可从TriTrypDB获取。

自2016岁首Companion公成立布以来，咱们照旧统计了来自寰宇各地的120多条把稳运转，况且越来越受迎接。此时，咱们要感谢Wellcome Trust Sanger Institute infrastructure systems团队珍惜工作器。Companion照旧被证明是多功能的：尽管Companion的主要方针是把稳通盘基因组，但用户论说说，他们无意只将其用于伪染色体邻接组件，这一功能看成web应用才气亦然很极度的。

Companion是使用首先进的时间竣事的：Nextflow责任流处理系统来互助管谈，GenomeTools基因组分析器具包用于初级剧本，Rails成立生态系统用于web工作器。所有代码皆不错在免费的开源许可下使用。

总之，companion正在生成一个高质地的草稿把稳，不错很容易地提交给数据库，使社区或者从这些已测序的寄生虫中学习。它还提供了多样输出，允许用户最终将新把稳的基因组与参考基因组进行比较，可能为进一步的酌量指明了第一个标的。